923 wurde erstmals "ecclesia ad lungowe" urkundlich erwähnt – dies bezog sich auf die Kirche in Althofen bei Mariapfarr – diese war also die eigentliche Urkirche. Zu dieser Zeit war der Platz der heutigen Basilika noch vom Sitz der Lungauer Gaugrafen besetzt. Bei dem in der Urkunde angeführten Tauschgeschäft handelte es sich um einen Vertrag zwischen dem Erzbischof Odalbert und seinem Weihbischof Gotabert. Dieser erhielt durch diesen Tausch die "Kirche beim Lungowe" mitsamt dem dazugehörigem Haus und Hof. Es handelte sich dabei um das heutige Althofen und die Quelle bestätigt auch, dass zu diesem Zeitpunkt dort schon ein kirchliches Zentrum bestand. Es kann gut sein, dass dort auch schon ein römerchristliches Zentrum war - das Patrozinium der Althofener Kirche würde dazu passen (Heiliger Laurenzius).
Als im Jahre 1217 der große Fronhof endgültig an dass Domkapitel fiel, begann man mit dem Bau einer Kirche, wahrscheinlich unter Einbeziehung einer bereits existenten, dem Heiligen Georg geweihten alten Burgkapelle. Dieses Patrozinium ist heute noch in der im 15. Jahrhundert unter Pfarrer Grillinger erbauten Seitenkapelle, der "Örgenkapelle" (Georgskapelle) verblieben. Es entstand eine einfache romanische Hallenkirche, die im Langhaus und Altarraum mit einer Holzdecke versehen war. Bemerkenswert ist, dass sich aus jener Zeit Fresken, welche das Langhaus und den Altarraum zierten, bis heute erhalten haben. Die Kirche wurde unter das Patronat der Heiligen Maria gestellt, Hintergedanke war eventuell von Anfang an die Einführung einer (auch wirtschaftlich lukrativen) Marienwallfahrt. Im Jahre 1360 wurde bereits ein erster Umbau unter dem Einfluss der Gotik vorgenommen. Die Fenster wurden vergrößert, der Altarraum erweitert bzw. neu errichtet und mit dem heute noch erhaltenen Sternrippengewölbe ausgestattet. Leider wurden auch die ersten Fresken beschädigt oder sogar zerstört. Die Freskenreste aus 1220 wurden verputzt und die Wände mit neuen Fresken gleichen Inhalts geschmückt. Verloren gegangen ist wahrscheinlich ein schönes Gnadenbild an der Altarwand, die gänzlich herausgerissen wurde. Ersetzt wurde dieses Gnadenbild durch eine Steingussmadonna, welche später unter den Namen "Schöne Madonna von Mariapfarr" kunstgeschichtliche Bedeutung erlangte. (Siehe "Kunsthistorisches")
An dieser Stelle ein kleiner Exkurs: Das Wort "Basilika" kommt aus dem Griechischen (stoá basílike) und bedeutet soviel wie "Königshalle". In der Antike wurden damit größere Markt- oder Versammlungshallen bezeichnet. Die Christen übernahmen die Architektur dieser Hallen als Vorbild für den Bau von Kirchen. Verbreitet waren vor allem dreischiffige Bauten, wobei das Mittelschiff meist die Seitenschiffe überragte. Aus dem üblicherweise halbrunden Abschluss entstand die Apsis mit dem Altar. Die Basilika als Grundtyp des Kirchenbaus beherrschte die christliche Architektur bis weit ins Mittelalter. Somit ist praktisch jede Kirche dieser Bauform (und damit fast alle Kirchen aus dieser Zeit) eine Basilika, es muss also zwischen dem architektonischen Begriff und dem später durch die katholischen Kirchenherren eingeführten Ehrentitel unterschieden werden!
1419 kam mit Peter Grillinger, Chorherr in Friesach, ein neuer Pfarrer nach Mariapfarr. Er war bis heute sicher die bedeutendste Persönlichkeit unter all den Pfarrherrn von Mariapfarr. Dieser charismatische Mann war gebildet, kunstsinnig, unternehmungslustig, fromm, aber auch ein Freund der Wissenschaft - und dazu ein Finanzgenie. Er war Finanzreferent beim Erzbischof, war federführend beim Bau der Leonhardskirche in Tamsweg (damals im Pfarrgebiet von Mariapfarr), baute die romanische Kirche in Mariapfarr zur dreischiffigen gotischen Basilika um. In seiner Zeit entstand auch die "Örgenkapelle" als Anbau an die Pfarrkirche. Der Grundriss der heutigen Kirche ist im Großen und Ganzen auf die damalige Zeit zurückzuführen. Er schuf sich auch eine wertvolle, handgeschriebene Bibliothek. Die heute berühmte "Grillingerbibel" befindet sich in der Nationalbibliothek in München. Für die Kirche in Mariapfarr ließ er das berühmte gotische Silberaltärchen anfertigen, das man heute im Pfarr- und Walfahrtsmuseum in Mariapfarr bewundern kann. Um 1500 wurde der romanische Altar entfernt und durch einen prunkvollen gotischen Flügelaltar ersetzt. Leider wurden bei dieser Gelegenheit auch die Fresken aus 1320 übertüncht.
1620 wurde ein neuer Hochaltar geschaffen. Es war eine Blütezeit der Wallfahrt – diese bescherte auch der Kirche lukrative Einnahmen und so konnte man bereits 1750 wieder einen neuen Altar anschaffen – dieser nun spätbarock, überladen mit Schnitzwerk und hunderten Engelsfiguren.1861 hatte die Kirche insgesamt sieben Altäre: Den Hochaltar, den Georgsaltar, einen Aloisiusaltar, den Bruderschaftsaltar, einen Kreuzaltar und einen Altar in der Annagruft. Interessant die Geschichte des Kreuzaltars mit dem "Schmerzensmann" - siehe dazu (Siehe "Wallfahrt") Bereits 1896 wurde der Altar erneut ersetzt, in neugotischem Stil, aber mit den alten gotischen Bildtafeln vom Flügelaltar.
Die beiden Weltkriege hinterließen ihre Spuren - nicht zuletzt am Geläut, das zwei mal teilweise als Munitions-Rohmaterial eingeschmolzen wurde. Deshalb sah das 20. Jahrhundert auch 2 Glockenweihen in Mariapfarr (1922 und 1950.)
1946 wurde wieder mit einer umfassenden Restaurierung begonnen. Die Säulen und Teile des Mauerwerkes wurden vom Putz befreit, wodurch das ursprüngliche Tuffsteinmauerwerk zum Vorschein kam. Eine kunsthistorische Sensation waren die freigelegten und teilweise noch gut erhaltenen Fresken aus dem 13. und 14. Jahrhundert. Im Zuge dieser Renovierung wurde 1950 ein neues Geläut und 1954 eine neue Orgel angeschafft. Auch das Äußere der Kirche wurde renoviert und die Krypta als Kriegergedächtnisstätte ausgestaltet.
Die umfassendsten Renovierungen bzw. Restaurierungen seit Grillinger wurden wohl unter Pfarrer Johann Maier (Pfarrherr von 1953-1990) durchgeführt. Der bis 1952 als landwirtschaftlich genutzte Teil des Pfarrhofes wurde zu Wohnungen, einem Kindergarten und Schulklassen umgebaut. 1954 wurde die Kirche außen und der Turm restauriert. 1969 wurde die Friedhofsmauer renoviert und 1973 teilweise die Fenster in der Kirche getauscht, wobei Pfarrer Maier selbst als großzügiger Spender in Erscheinung trat. 1977/78 erfolgte dann die Restaurierung der Kirche in Weißpriach, 1983 die der Kirche in Althofen und auch die Kirche in St. Andrä wurde saniert. 1969 bis 1973 wurde erstmals in Göriach eine Kirche errichtet. 1987 bis 1991 wurde wieder kräftig in Mariapfarr in die Hauptkirche investiert. Einer Trockenlegung folgte die Außenrenovierung der Kirche und die des Turmes – finanziert auch durch erhebliche Spenden der Bevölkerung. Unter Maiers Nachfolger Josef Matzinger wurde der Pfarrhof im Wohnbereich gründlich umgebaut. Die Neueindeckung des Pfarrhofes und teilweise der Kirche war ebenfalls mit erheblichem Aufwand verbunden. In kordialer Zusammenarbeit mit dem neu gegründeten Museumsverein und unter Einbeziehung von Museumsexperten, sowie unter Mithilfe vieler, vom allseits beliebten Pfarrer motivierter Mithelfer wurden die ehemaligen Kindergartenräume in ein Pfarr- und Wallfahrtsmuseum umgebaut. Unmittelbarer Anlass war sicher die Entdeckung, dass Josef Mohr das berühmte Lied "Stille Nacht" in Mariapfarr geschrieben hatte. Auch der wunderschöne Arkadenhof des Pfarrhofs wurde für öffentliche Veranstaltungen und christliches Miteinander geöffnet, leider wurde dies unter Nachfolgern Matzingers wieder sehr eingeschränkt.
Die schon lange geplante Innenrestaurierung der Pfarrkirche wurde - nach umfangreichen Befundungen - im Jahre 2014 mit großzügigster Unterstützung der Gemeinde Mariapfarr und der übrigen Pfarrgemeinden, sowie großen Spenden der Bevölkerung begonnen und 2016 abgeschlossen. Es galt vor allem die Schäden im Mauerwerk zu beheben. Auch die historischen Kirchenbänke wurden restauriert, der Fußboden ausgebessert bzw. erneuert und - wo es möglich war - Fresken restauriert. Die graue Farbe im Innenraum wurde durch einen hellen Anstrich ersetzt, das historisch wertvolle Barockgitter eines Mariapfarrer Schmiedemeister wurde nach hinten versetzt. Der an sich schöne neue Volksaltar aus hellem Marmor rückt leider den prachtvollen Hauptaltar mit den alten gotischen Tafelbildern und der gotischen Madonna in den Hintergrund
Insgesamt wurde durch die jüngsten Maßnahmen eine Wandlung vollzogen – die mystische, gotische Basilika wurde zu einer modernen, mehr dem Zeitgeist entsprechenden Hallenkirche. Das findet aber durchaus auch Anklang, letztlich wollen wir alle einladen, sich selbst ein Bild zu machen, durch einen Besuch in unserer schönen Wallfahrtskirche.
Noch sind die Restaurierungsarbeiten nicht ganz abgeschlossen, Kleinigkeiten sind sicher noch offen, so wurde z.B. der von den Wallfahrern besonders geschätzte "Schmerzensmann" in der Krypta zur Restauration entfernt und an seiner Stelle vorübergehend ein einfaches, auf Glas gemaltes Kreuz platziert.
