Wie lange es schon eine Wallfahrt nach Mariapfarr gibt, ist nicht genau nachweisbar. Das frühe Marien-Patrozinium kann als Hinweis auf eine oder auch als gewollte Begründung für eine rege Wallfahrt schon im Mittelalter gedeutet werden.
Einen Höhepunkt erreichte das Wallfahrtswesen in der Barockzeit, wo vor allem die Marienverehrung besonders groß war. Die verschiedenen Mariendarstellungen geben Zeugnis davon, wie die "Schöne Madonna" (bis zum 15 Jahrhundert) und dann die gotische Madonna, welche in der Barockzeit mit prachtvollen Gewändern umhüllt war, verehrt wurde – und das bis heute als "Pfoach Muata" (Pfarrmutter) wird.
Die heilige Maria wurde dabei speziell in der Form der "Schutzmantelmadonna" verehrt. Eine ikonografisch sehr seltene und bedeutsame Darstellung findet sich auch in einem Fresko aus 1360 – "die Schutzmantelmadonna mit dem Schmerzensmann" (als Schmerzensmann bezeichnet man eine Darstellung des Jesus als leidenden, sterbenden).
Daraus abgeleitet und wohl inspiriert von der in der Kirche mit prächtigen Gewändern umhüllten Madonnenfigur findet sich diese spezielle Darstellung der heiligen Maria auch auf unzähligen Wallfahrts-Andenken, Votivtafeln, aber auch auf Bildstöcken oder in Kapellen in der Umgebung Mariapfarrs.
Aus dieser Zeit ist auch eine zur Bedeutung erlangte Neun-Kirchen-Wallfahrt bekannt, die ihren Ausgangspunkt in Mariapfarr hatte und nach dem Besuch der wichtigsten Kirchen im Lungau wieder dorthin zurückführte. Eine alte Schrift aus dem Jahre 1863 erinnert daran:
"Gar früh um drei Uhr wurde das Zeichen mit der großen Glocke gegeben. In der Ausgangskirche (Mariapfarr) versammelt, beginnt die Kreuzschar ein gemeinschaftliches Lied, betet dann fünf Vaterunser und Ave Maria und trat, die Allerheiligenlitanei singend, in Begleitung eines Priesters den Weg an. In gewissen Kirchen, die man noch am Vormittag erreichte, war auch ein Amt. Die Reihe der besuchten Kirchen war folgende: Althofen, St. Gertrauden, St. Martin, St. Michael, St. Margarethen, St. Leonhard, St. Jakob und St. Andrä. Meistens in der Nacht kam man nach Hause. Die gesamt Wegstrecke ging über 49 Kilometer."
Ein ganz interessantes Zeugnis der Wallfahrtstradition ist der "lederne Christus", ein "Schmerzensmann" - also eine Darstellug des leidenden Christus. Er war ursprünglich mit Lederstreifen umwickelt, jedoch zupften Wallfahrer als Andenken und wohl als eine Art Glücks-/Segensbringer kleine Stücke vom Leder, wodurch die Figur auf Dauer zum etwas unheimlich anmutenden "Fetzenchristus" wurde. Zum Schutze wurde der ursprünglich in der Kreuzkapelle positionierte Christus dann hinter Glas geschützt, kam aber 1955 wieder offen zugänglich in die Krypta. Derzeit wird er unserer Information nach restauriert und ist nicht in der Kirche anzufinden
Ende des 19. Jahrhunderts wurden die Wallfahrer weniger, aber bis heute ist Mariapfarr ein gern besuchter Wallfahrtsort. In Anlehnung an die oben erwähnte traditionsreiche Neun-Kirchen-Wallfahrtse wurde 2003 vom damaligen Museumsverein eine "Fünf-Kirchen-Wallfahrt" ins Leben gerufen. Diese wurde mit Begeisterung angenommen und wuchs in den Folgejahren. Leider war allerdings dann das Interesse der Kirche nicht mehr da und man hat diese Wallfahrt - trotz steigender Beliebtheit – nicht mehr weiter veranstaltet und damit "abkommen lassen".
